أضافت إسرائيل اغتيال إسماعيل هنية في طهران إلى قائمة من عمليات قتل غامضة قامت بها داخل الأراضي الإيرانية، في حرب خفية مع إيران، أبرزها اغتيال عالم نووي كبير في 27 تشرين الثاني 2020 بطهران، هو محسن فخري زاده، الذي قتل في كمين على الطريق باستخدام بندقية ذاتية التشغيل أطلق رصاصها عليه قمر صناعي.
 
زاده كان ضابطا في الحرس الثوري، وأستاذ فيزياء في "جامعة الإمام الحسين" بطهران، وهدفا رئيسيا لاستخبارات إسرائيل طوال سنوات، لذلك ألقت إيران باللوم على إسرائيل في مقتله، إلا أن إسرائيل اعتبرت اتهامات طهران مزاعم، ولا تعترف للآن بأنها وراء اغتياله.

ولم يكن زاده أول عالم مرتبط بالبرنامج النووي الإيراني يتعرض لهجوم قاتل، وفقا لما ورد عنه بتقرير نشرته صحيفة "واشنطن بوست" الأميركية، فقبله تم استهداف مسؤولين إيرانيين بسيارتين مفخختين في 2020 بطهران، بفارق 20 دقيقة، فقضى أحدهما قتيلا وأصيب الآخر.
بعدها بعامين تم اغتيال قائد كبير في الحرس الثوري، هو العقيد حسن سيد خدايي، المعروف بلقب "الصياد" في طهران. وبعد 3 أيام توفي المهندس الإيراني جاد بيجي في "حادث صناعي" في قاعدة بارشين العسكرية، وعنه قال مسؤولون إيرانيون لصحيفة "نيويورك تايمز" الأميركية، إن طائرات مسيّرة هاجمت المنشأة التي يتم فيها تطوير صواريخ وتكنولوجيا نووية وطائرات بدون طيار.
بعده توفي علي إسماعيل زاده، الذي "سقط من سطح منزله" في كرج. ووفقا لموقع "إيران إنترناشيونال" الإخباري المعارض، ومقره لندن، أبلغ كبار مسؤولي الحرس الثوري أسرته أنه ترك رسالة انتحار. ويُزعم أن زاده، القائد الكبير بوحدة 840 التابعة لقوة القدس، قُتل على يد الحرس الثوري، حيث يشتبه بتسريبه معلومات أدت إلى اغتيال خدايي.
 
وفي أيار 2022 توفي عالمان إيرانيان بظروف غامضة في مدينتين تبعدان مئات الكيلومترات عن بعضهما، أحدهما عالم الفضاء أيوب انتظاري، الذي أدار مشاريع أمنية كبرى في معهد أبحاث AIO في يزد، وقضى قتيلا بظروف غامضة، حيث أشارت تقارير إلى تسممه. كما ظهرت أعراض تسمم على كامران مالابور، وهو عالم نووي كان يعمل في منشأة "نطنز" النووية، واتهمت إيران إسرائيل بقتل العالمين النوويين.

وهناك عملية اغتيال كبرى لحقت داخل إيران بعبد الله أحمد عبد الله، المعروف أيضا باسم أبو محمد المصري، وكان الرجل الثاني في تنظيم "القاعدة" حين شارك بهجمات عام 1998 على السفارتين الأميركيتين في كينيا وتنزانيا، وكانت مكافأة مقدارها 10 ملايين دولار على رأسه، وفقا لما ورد بتقارير، ذكرت أن عملاء إسرائيليين قتلوه يوم 7 اب 2020 في طهران، بطلب من الولايات المتحدة، وقتلوا معه ابنته مريم، أرملة حمزة أسامة بن لادن.